Les missions confiées aux Mégas sont extrêmement variables. En voici quelques exemples.
Les Vieux de la Guilde entretiennent un réseau d'espions (informateurs), comme toute organisation de ce type. Ce sont parfois des Mégas (fouineurs ou patrouilleurs), parfois des autochtones qui croient travailler pour une cause qu'ils soutiennent. Il y a également des Mégas en surveillance, missions de longue durée durant lesquelles ils sont attentifs à tout ce qui se passe, même hors du cadre de leur mission. Et enfin il existe d'anciens Mégas retirés qui, bien qu'inactifs, sont autant d'observateurs expérimentés.
Fréquemment aussi, la demande vient des hauts médiates de l'AG, ou directement de l'Immédiator, qui n'est pas le dernier à fouiner lui-même si un détail attire son attention sur une planète de l'AG. Les médiates relaient parfois la demande d'aide d'un ambassadeur, qui ignorera toujours que ce sont les Mégas qui ont résolu son problème, et non des agents de l'AG.
Les missions de réparation du continuum sont motivées soit par des observations directes de phénomènes anormaux par des Mégas lors de Transit ou de passage de brèches, soit par les messages qu'émettent parfois les Guetteurs à l'attention des Vieux.
Une grande partie des missions effectuées par les Mégas viennent donc de l'AG. Il peut s'agir de désamorcer un chantage ou une prise d'otage (la rapidité de déplacement et la capacité de Transfert des Mégas étant alors précieuses). Souvent, les missions relèvent de la première fonction historique des Mégas : servir de messager, ou transporter par Transit un objet ou une personne. Il n'est pas rare non plus que l'on confie à la Guilde la protection d'une importante personnalité. Enfin, fait plus rare, il est parfois demandé à la Guilde de soutenir la Garde ou la FRAG.
Mais il arrive aussi que la Guilde soit contrainte de planifier une mission ayant pour but de contrer les agissements de l'AG ou d'une agence galactique. Le cas le plus fréquent concerne la FRAG (et occasionnellement la Garde) : les Vieux peuvent vouloir protéger une partie des populations, ou juste des individus, de la fureur destructrice de la FRAG, parce que ce peuple peut aider à reconstruire la planète blessée, parce qu'un individu semble promis à un rôle important dans le futur, ou simplement parce que les Mégas sont disponibles et peuvent empêcher un massacre à grande échelle en utilisant une ressource connue d'eux seuls (abri datant de la Première AG...).
Il peut également s'agir de surveiller, voire sanctionner les abus de pouvoir d'un représentant. Et parfois, malgré ses efforts pour résoudre les problèmes de façon cohérente avec les philosophies locales, l'AG doit parfois agir contre un individu ou un groupe violant les lois ouvertement, même si les médiates n'ignorent pas que les "bandits" ou "rebelles" ont quelques raisons légitimes d'agir ainsi. C'est un cas typique de schizophrénie du pouvoir, où l'AG envoie ses meilleurs éléments arrêter des hors-la-loi, tandis qu'un médiate contacte la Guilde pour les aider à s'échapper, sans nuire à ses propres forces.
L'existence de renégats est inévitable au sein de la Guilde. En s'organisant de façon à localiser toujours plus de Mégas, la Guilde s'expose à créer toujours plus de rebelles. Il y a ceux qui désapprouvent certaines missions, sans oser en contester la légitimité, et qui finissent par disparaître sans donner signe de vie ; d'autres estiment qu'un ami est mort du fait d'un Méga négligent ou meurtrier, ou d'un major qui en demandait trop, bref, d'un responsable. Il va alors guetter sa cible... D'autres encore décident d'utiliser leurs pouvoirs pour acquérir argent et puissance. D'autres enfin deviennent de véritables rebelles, menaçant l'existence même de la Guilde. Ceux-là sont pourchassés avec acharnement, jugés et, les cas échéant, emmenés dans l'Intercontinuum par des Vieux, qui demanderont aux Guetteurs de leur retirer leurs capacités de Transfert et Transit. Ce dernier cas est cependant rarissime, et n'a du arriver qu'une demi-douzaine de fois au cours des vingt millénaires d'existence de la Guilde.
Bien entendu, la Guilde organise d'autres missions que celles présentées ci-dessus. Elle monte parfois des missions de surveillance (d'un renégat connu mais calme, d'un traitre, pour trouver les preuves de sa trahison, d'un contrebandier tricheur de NT...). Elle part aussi à la recherche de personnalités disparues (prisonnier évadé, fugue de prince(sse), génie étourdi, allié de la Guilde), ou protège celles-ci (ambassadeur en mission, star, Vieux en observation...). Sans compter les nombreuses missions concernant les Brèches et les irrégularités de l'Intercontinuum). Enfin, il n'est pas rare que les relations des Mégas, averties de leur véritable identité, prennent contact avec eux pour leur demander de l'aide. A eux de voir si cette demande est acceptable, et s'il faut prévenir son Major, ou se contenter de poser quelques jours de congés...