La Guilde est étrangement structurée, et son organisation peut déstabiliser des Terriens habituées à une hiérarchie plus claire. Les Mégas sont farouchement indépendants, bien que très disciplinés, et la longue et parfois tragique histoire de la Guilde explique son organisation actuelle.
Au-delà de la structure (plus fonctionnelle que hiérarchique) décrite ci-dessous, il existe également, de façon informelle, des "rangs", dont l'échelle est fixée par l'expérience et la notoriété, et qui peuvent régir les rapports entre les agents, notamment pour déterminer ceux à qui les responsabilités sont confiées.
Des Mégas expérimentés (appelés "les Vieux") décident des orientations générales de la Guilde, gèrent les affaires courantes, accordent ou refusent les dérogations demandées par leurs "jeunes" collègues ; ils distribuent les récompenses, et parfois aussi les coups de bâton. Les Vieux sont les interlocuteurs de la Guilde auprès de l'AG. Ils acceptent ou refusent les missions que celle-ci souhaitent leur confier, et les délèguent aux Mégas compétents. Ils décident des "contre-missions" destinées à tempérer les actions jugées excessives ou à risques d'effet pervers de l'AG. Enfin, ils sont à l'écoute des Guetteurs qui leur indiquent les anomalies dangereuses du continuum.
Les Vieux sont souvent très charismatiques. La force de caractère qui leur a permis de traverser sans trop de mal une vie difficile les rend souvent orgueilleux, et pénétrés de leur mission, convaincus de la justesse de celle-ci.
Le terme de "Vieux" vient du surnom affectueux donnés par les premiers disciples des cinq tétraélites revenus sur Norjane. Mais nombre de Vieux sont plutôt jeunes. L'accession à ce statut dépend d'un nombre indéterminé de critères, et relève avant tout d'une disposition d'esprit, de centres d'intérêts, de détachement et de vision à long terme. Ainsi, bien entendu, d'une bonne dose de sang froid.
Les majors sont les responsables des équipes lancées sur le terrain. Dès que les Vieux et leurs conseillers ont décidé d'une intervention, c'est un major qui recueille les informations disponibles, qui ordonne éventuellement des missions préliminaires, qui donne au service M les instructions pour la préparation du matériel, et enfin qui choisit les agents à envoyer. Ce sont également les Majors qui portent le poids des agents disparus...
Les majors sont pour la plupart d'anciens agents de terrain (ce qui n'est pas le cas de tous les Vieux, loin de là), et parfois même ne dédaignent pas intervenir de temps à autre dans les missions de leurs hommes.
Les voyageurs sont les Mégas qu'on envoie aux confins des univers dénouer les mille imbroglios et drames que tissent le continuum. Recrutés partout où l'on a pu détecter des Mégas latents, ils se subdivisent en plusieurs spécialités, selon leurs affinités (voir "Recrutement")
Des Mégas ont conservé le statut d'origine de messager. Peu enclins à l'action, mais possesseurs des deux dons, ils se limitent à des missions simples, en général vers des planètes bien connues et répertoriées sans risque.
Comme les messagers, les vérificateurs sont des agents peu avides d'aventures, mais qui eux ont atteint un bon niveau en création de point de Transit. Ils se transitent de point en point afin de vérifier le bon état de tétraèdres peu utilisés, et en profitent pour recueillir quelques informations récentes auprès du contact local. Leur rôle consiste aussi à aller recréer un point de Transit lorsqu'au retour de mission, des Mégas signalent qu'un des points est inutilisable. Toutefois, ils laissent ce type d'activité à d'autres Mégas lorsque la zone est déclarée dangereuse, ou lorsque les informations disponibles sont trop anciennes.
Certains Mégas restent sur Norjane pour aider au fonctionnement de la Guilde, et faciliter les missions organisées par les Majors.
Ce charmant sobriquet désigne les employés du service M, chargé de tout ce qui est matériel : appareils divers et gadgets, tenues et costumes, armes (conception, récupération et réparation après les missions), etc.
Surnommés les anticorps, les vigilants sont les unités chargées d'empêcher toute invasion du Sanctuaire de la Guilde, tant de l'extérieur (par l'espace ou par infiltration sur Norjane), que de l'intérieur (par des Mégas renégats, mais surtout par les créatures que les Mégas transitent avec eux à leur retour). Les Mégas rencontrent donc surtout ceux qui gardent les salles de Transit, en alerte permanente.
Le corps des Stratèges dirige le service des Vigilants. Ces officiers responsables sont les seuls à être réellement structurés de façon hiérarchique en grades équivalents à général, colonel, commandant, capitaine, lieutenant. Ils prévoient et organisent les opérations de grande envergure tout autant que la sécurité du Sanctuaire. Leurs fantassins sont surtout des droïds de combat de conception Méga.
Les Mégas appellent guildiens tous les autres employés du Sanctuaire : scribes, cartographes, médecins et infirmières, archivistes, gardiens de la tétrathèque...
Sur les diverses planètes portant des points de Transit, au moins l'un de ces points dissimulé dans une habitation et confié à la garde d'un contact. Les contacts sont rarement des Mégas (hormis d'anciens agents fixés sur une planète) mais des autochtones, recrutés parmi des personnes aux idées proches de la philosophie de la Guilde. Ces contacts restent parfois des années sans voir passer un seul agent. Dans la plupart des cas, ils agissent de manière désintéressée. Parfois, ils sont rémunérés ou obtiennent certains avantages en échange de leur travail, qui consiste à maintenir en état le local du point de Transit, et à entrer dans l'ordinateur de contrôle les dernières informations utiles pour les Mégas arrivant.
A l'inverse des contacts, les détachés sont de véritables agents Mégas, en mission longue durée sur une planète. Il s'agit en général de guetter le passage de quelqu'un (pour l'aider ou lui tendre un piège), de protéger une personne (incognito ou en faisant partie de son entourage), ou de surveiller un individu ou un groupe suspect ou susceptible d'entrer en activité. Ces missions exigent des couvertures très crédibles (fausse généalogie, famille imaginaire...).